Transcurre el tiempo y se piensa en la necesidad de la integración preventivo-asistencial, porque son acciones concluyentes la una de la otra y deben realizarse por un sector gubernamental que dirija sus recursos a la atención integral del individuo. Surgen entonces y con este objetivo las Secretarías Departamentales de Salud. Las acciones se cumplen y el proceso de atención sigue su desarrollo, pero se hace necesario un ordenamiento y manejo con criterios técnico y buscando la accesibilidad del mayor número de personas a las acciones del sector.

A principios de la década del 40, aparece dentro de la organización gubernamental y como una manifestación de la apropiación del estado con la salud , la SECRETARIA DE SALUD, HIGIENE Y BIENESTAR SOCIAL, del Departamento de Antioquia, concomitante con la creación a nivel nacional del Ministerio de Trabajo, Higiene y Prevención social.

A nivel de los municipios existían, las Inspecciones Municipales de Higiene, dirigidas en ese entonces con criterios pocos técnicos y existían 11 Centros de Higiene y algunas comisiones sanitarios compuestas por personal dependiente de los mismos centros y atendidos por inspectores sanitarios.

Desde antes de 1958, se generaba la inquietud de deslindar un poco lo netamente político de lo administrativo y se veía la necesidad imperiosa de que ciertos organismos estatales tuvieran en su dirección primacía técnica y no política.

Apareció entonces la Ley 19 de 1958, que en su artículo 1º consideraba la estabilidad y preparación técnica de los funcionarios y empleados, el ordenamiento nacional de los servicios públicos y descentralización de aquellos que pudieran funcionar mas eficazmente bajo la dirección de las autoridades locales. Se autorizaba a los gobiernos departamentales para celebrar contratos, fijando por Decreto Nacional de 1960, los requisitos para los mismos. Por la época se celebró en Medellín el Primer Congreso Colombiano de Salud Pública, que recomendaba en sus conclusiones "Integrar los servicios preventivo asistenciales física y funcionalmente" , por la dicotomía existente entre los servicios de salud representada por los Centros de salud enfocadas a la prevención y la atención al grupo de madres y niños y los hospitales con servicios de asistencia, con aportes de la Beneficencia de Antioquia.

Específicamente en Salud, se encuentra la Ley 12 de mayo de 1963, sobre Plan Hospitalario Nacional y en el artículo 1º dice: " Con el fin de atender las necesidades en salud y de fomentar las iniciativas en este campo, la Nación contribuirá económica y técnicamente a la construcción de hospitales, centros de salud, orfanatos, ancianatos, casas de rehabilitación, asilos y demás entidades de asistencia pública, sí como a las ampliaciones, reformas, dotaciones y sostenimiento de los ya existentes".

El Decreto Extraordinario 3224 de diciembre 19 de 1963, define la Asistencia Pública, el Servicio de salud Público, señala quién puede prestar la asistencia pública y ofrece, la organización básica para la prestación del servicio de salud, de acuerdo a los niveles nacional, regional y local y estipula en el artículo 8º la celebración de contratos entre los distintos niveles.

En virtud de estos antecedentes legales, aparece el primer contrato firmado entre el señor gobernador y el ministro de salud en el cual las partes se comprometían a cooperar para el sostenimiento, ampliación y creación de los organismos necesarios para la prestación del servicio de Salud Pública. Estas actividades las realizaría el Departamento de Antioquia por intermedio de la Secretaría Departamental de salud Pública cumpliendo las funciones de : fomento de la salud, protección de la salud, recuperación y rehabilitación de la salud, con acciones que se desarrollarían sobre el individuo, la familia y la comunidad, buscando la participación activa y permanente de los grupos mas afectados por problemas de salud. Se empieza a considerar la importancia de la participación de la comunidad. Aparece entonces la SECRETARÍA DE SALUD PUBLICA, con una estructura organizativa y como hecho trascendente, por la introducción de los aspectos preventivos, con un enfoque mas apropiado de la salud pública.

Existían en esta década, los distritos de salud, que pudieran considerarse los primeros albores de la regionalización.

En 1964, el gobierno Departamental, con el propósito de resaltar los méritos de personas fallecidas que hubieran contribuido al progreso intelectual, moral, social y material de la sociedad, decreta que todos los 107 centros de salud dependientes de la Secretaría Departamental de Salud Pública, fueran denominados con el nombre de médicos ilustres ya fallecidos.

En 1966 el Ministerio de Salud dicta el Decreto 1499 sobre las normas generales, técnicas, estructura, funciones y la coordinación de los servicios de salud en el país. Surge entonces en el departamento "el contrato Antioquia" del 5 de julio de 1966, en el cual la Nación, el Departamento y la Beneficencia de Antioquia, integraron el SERVICIO SECCIONAL DE SALUD DE ANTIOQUA y definieron el patrimonio, la estructura, la conformación de la Junta Seccional (por un representante del gobierno nacional, un representante de la provincia Eclesiástica de Antioquia, dos representantes de la Beneficencia de Antioquia y dos representantes de la Asamblea Departamental. Igualmente se definía la dirección a cargo de un Jefe del Servicio que dependía de la Junta, la coordinación mediante contratos o convenios de integración con entidades públicas y privadas, las funciones de las entidades asistenciales y la supervisión.

Se inició entonces la difícil tarea de reglamentar y estructurar el Servicio, proceso arduo y prolongado, porque con la reglamentación se inició también el programa de planificación en el sector o escalonamiento de los servicios, por intermedio de un plan de construcciones, remodelaciones y dotaciones hospitalarias y un plan de adiestramiento y formación de personal, tanto en servicios como a través de comisiones especiales.